לטיפולי ההפריה החוץ־גופית עלולים להתלוות כמה סיבוכים. סיבוכים אלה נדירים למדי: סיכונים הנובעים מההרדמה : מאחר ששאיבת הביציות נעשית בדרך כלל בהרדמה מלאה, קיימים סיכוני ההרדמה. חשוב להדגיש שמדובר בהרדמה יחסית קלה ופשוטה ולכן הסיכונים הללו מאד נדירים. לרוב תיערך פגישה עם הרופא המרדים מראש וזאת כדי להפחית סיכון עד כמה שניתן.
סיכונים הנובעים מהחדרת המחט: סיבוכים אפשריים נוספים נובעים מהחדרת המחט לשם שאיבת הביציות: זיהום במקום הדקירה. כדי להימנע מזיהום השאיבה נעשית בחדר ניתוח תוף הקפדה על טכניקה סטרילית וכן יש המלצה על נטילת אנטיביוטיקה כדי להפחית סיכון לזיהום. דימום תוך בטני המצריך ניתוח לשם עצירת הדימום. מאחר שהדקירה לשאיבת ביציות נעשית בהנחיית אולטרסאונד ,הסיכון לדימום, כזה משמעותי המצריך ניתוח לשם עצירת דימום, הוא מאד קטן.