הטיפול במתכונת "הפרוטוקול הארוך" מתחיל גם הוא ביום השני או השלישי למחזור או ביום ה־21 למחזור הקודם, במתן אותה התרופה לדיכוי בלוטת יותרת המוח כדי למנוע ביוץ מוקדם. אולם, ב"פרוטוקול הארוך" לא נותנים את התרופה לגירוי השחלות לאחר 3-1 ימים, אלא בשלב מאוחר יותר. שבועיים לאחר מתן הזריקות למניעת הביוץ המוקדם בודקים שאכן הושג דיכוי של בלוטת יותרת המוח. אם אכן מתברר שהושג הדיכוי הנדרש, מתחילים בגירוי השחלות. יתר מהלך הטיפול זהה למה שתואר ב"פרוטוקול הקצר". סוג הטיפול הזה אכן ממושך יותר (ומכאן שמו "הפרוטוקול הארוך"), וזהו חיסרון. לעומת זאת ישנם מחקרים שמוכיחים שלפרוטוקול הארוך יש יתרון מסוים מבחינת הסיכוי להשיג הריון.
Copyrights reserved to Dr Julio Herrero, Spain The illustrations were adopted from the Atlas of Assisted Reproduction written by Dr. Julio Herrero, Barcelona,Spain