לאחר שהעוברים התחלקו היטב במשך יומיים עד שבעה ימים בתוך הצלוחית ולאחר שעברו בדיקת איכות, הם מושתלים בחלל הרחם. בשלב הזה עולה הדילמה כמה עוברים להשתיל ברחם. ככל שמספר העוברים שמושתלים ברחם הוא גדול יותר, כך גדל הסיכון להריון מרובה עוברים. את ההחלטה על מספר העוברים שיושתלו ברחם מקבלים בני הזוג בהתייעצות עם הרופא המטפל. הרופא ימליץ על מספר העוברים שלדעתו יש להשתיל ברחם, אך ההחלטה היא בסופו של דבר של בני הזוג. המלצת הרופא מתבססת על איכות העוברים, על גיל האישה, על ההיסטוריה הרפואית שלה ועל שיקולים נוספים. כמו כן קיימות הנחיות של האיגוד הישראלי למיילדות ולגינקולוגיה - שאותן אימץ משרד הבריאות - בנוגע למספר העוברים שיוחזרו לרחם. הנטייה כיום היא להשתיל מספר קטן של עוברים כדי להימנע מהריון מרובה עוברים, כיוון שהוא כרוך בהרבה מאוד סיכונים הן ליולדת והן לעוברים. החשש העיקרי הוא מפני לידות מוקדמות של פגים קטנים. אלה עלולים לסבול במשך כל חייהם מהסיבוכים הקשים שמתלווים לעיתים ללידה מוקדמת. לאחר שמתקבלת ההחלטה על מספר העוברים שיושתלו ברחם מתבקשים בני הזוג לחתום על טופס מיוחד שבו הם מאשרים את הסכמתם למספר הזה. תהליך ההשתלה של הביציות המופרות הוא פשוט, אינו כרוך בכאב או באי־נוחות של ממש, ונמשך דקות ספורות בלבד. העוברים נשאבים מתוך הצלוחית שבה הם נמצאים לתוך צנתר (שהוא צינורית פלסטיק דקה). הצנתר נמסר לרופא, והוא מחדיר אותו דרך צוואר הרחם לתוך חלל הרחם. בתוך חלל הרחם משחררים את העוברים מתוך הצנתר באמצעות הזרקה. עקרונית יכולה המטופלת לחזור לפעילות שגרתית מיד לאחר ההשתלה, אך נהוג להשאירה להשגחה זמן מה - ליתר ביטחון. לאחר החזרת העוברים עשוי הרופא להחליט לתת למטופלת תרופות הורמונליות שתפקידן לתמוך בהריון. קיימות תרופות רבות למטרה הזאת. כולן מכילות את ההורמונים פרוגסטרון ו/או אסטרוגן.
Copyrights reserved to Dr Julio Herrero, Spain The illustrations were adopted from the Atlas of Assisted Reproduction written by Dr. Julio Herrero, Barcelona,Spain