יש שתי שיטות להפריית הביציות: 1. בתהליך הרגיל נתונות הביציות בתוך צלוחית ובה נוזל מדיום מיוחד. לכל ביצית מוסיפים כ־50 אלף תאי זרע ומעבירים את הצלוחית לאינקובטור. בתוך מספר שעות אנו מקווים שתא זרע אחד יצליח לחדור לכל ביצית ולהפרות אותה.
2. במקרה שבבדיקת הזרע אין די זרעים או שאיכותם ירודה או במקרים שהביצית היא באיכות ירודה או עם בעבר היו טיפולים בהם הושגו אחוזי הפרייה נמוכים, קלושים הסיכויים
להשיג הפריה בדרך הרגילה. במקרים כאלה משתמשים בטכניקת המיקרומניפולציה שבה מחדירים לכל ביצית תא זרע אחד. הפעולה הזאת נעשית באמצעות טכנולוגיה מיוחדת ותחת מיקרוסקופ.
את ההחלטה אם להשתמש בטכניקה הרגילה או בשיטת המיקרומניפולציה מקבלים ביום שבו שואבים את הביציות ומקבלים את הזרע של הבעל ולאחר שבוחנים את איכותם.
הצלוחיות ובהן הביציות והזרעים נשמרות באינקובטורים ייעודיים בעלי סביבה מיוחדת וקבועה כולל טמפרטורה, לחות והרכב הגזים.
כ־24 שעות לאחר שהזרעים צורפו לביציות בודקים אם התקיימה הפריה.
לאחר 24 שעות נוספות בודקים אם התקבל עובר בן ארבעה תאים.
כעבור 24 שעות נוספות בודקים אם לעובר יש כבר שמונה תאים.
לאחר יומיים נוספים זהו כבר עובר שכולל עשרות תאים. בשלב הזה הוא נקרא בלסטוציסט.
ניתן להשתיל עוברים ברחם בכל אחד מהשלבים האלה.